Meditationen spielen im Kundalini-Yoga eine wesentliche Rolle und sind fester Bestandteil des Unterrichts. Yogi Bhajan lehrte eine Vielzahl verschiedener Meditationen und Meditationstechniken. Ihre Wirkungen unterscheiden sich, doch ihre Grundfunktion ist dieselbe. Yogi Bhajan erklärte es mit den folgenden Worten (zitiert nach Gurucharan Singh, "Die 21 Stufen der Meditation"):
Meditation ist der Reinigungsprozess des Geistes, so wie Baden einer der Reinigungsprozesse des Körpers ist. Wenn Du Deinen Körper massierst und dann ein Bad nimmst und Seife verwendest und Dich dann mit einem Handtuch abtrocknest, fühlst Du Dich sehr frisch, sehr neu, sehr gut. Wenn diese Routine auf Dein mentales Leben angewendet wird, reinigt sie den Geist. Das ist Meditation. Seid versichert, dass genau das beim Meditieren passiert.
Wenn Du meditierst, versuchst Du, ein Wort zu rezitieren, egal, welches Mantra, und Du konzentrierst Dich auf einen Punkt, was immer dieser Punkt ist. Dann setzt Dein Unterbewußtsein all den Müll und die schmutzigen Gedanken frei. Es füllt Dich an mit Müll. Dann, indem Du die Seife - das Mantra - verwendest, kommt der ganze Dreck raus. Wenn Du meditierst, sollte, wird und muss jeder negative Gedanke herauskommen. Doch wenn diese Gedanken aus dem Unterbewußtsein freigesetzt werden, chantest Du weiter das Mantra. Du konzentrierst Dich weiter auf den positiven Rhythmus und die Projektion Deines Geistes, während das Unterbewußtsein den negativen Rhythmus entlädt. Schließlich wird die Negativität ausgeglichen und Du bist neu, frisch und mental stark für den Tag.
Es ist ein Reinigungs- und Verjüngungsprozess für den Geist, er heißt Meditation. Sie wurde kommerzialisiert, doch ist sie eine sehr, sehr, sehr systematische, gut ausgearbeitete Wissenschaft. Versteht Ihr? Meditiert, damit Ihr keine Mentalen Schwächen habt. Meditiert, damit Ihr klar seid und immer das Für und Wider kennt. … Meditiert, und Ihr alle werdet immer wissen, was für Euch notwendig und wichtig ist. Meditiert und erkennt Euer Bestes. Meditiert und Ihr werdet den bloßen Rhythmus des Lebens, sein Glück und seine Großartigkeit genießen.